常见瓜类种传真菌性病害有：黄瓜疫病、黄瓜炭疽病、西瓜炭疽病、甜瓜炭疽病、黄瓜枯萎病、黄瓜蔓枯病、黄瓜黑星病、南瓜白绢病和冬瓜白绢病。这些病害多数都以菌丝体潜伏于种子内，也有以分生孢子或菌核附着种子外表的形式体现。以上病害的种子消毒方法是：
　　温汤浸种 将种子放置在55℃温水中，泡15分钟，然后用冷水冷却，催芽后播种。
　　药剂浸种福尔马林浸种：用40%福尔马林100倍液浸种30分钟，浸后用清水洗净，然后播种或晾干备用。多菌灵或普力克浸种：用50%多菌灵500倍液浸种1小时，或用72.2%普力克水剂800倍液浸种0.5小时。代森铵浸种：用50%代森铵500倍溶液浸种1小时。咪唑盐酸浸种：用100咪唑盐酸500倍液浸种1～2小时。漂白粉浸种：防治黄瓜枯萎病，可将种子在2%～3%漂白粉溶液中浸30～60分钟，浸过的种子用水洗净后晾干播种。
　　药剂拌种福美双拌种：防治黄瓜疫病，可用50%福美双可湿性粉剂，按种子重量的0.4%的药量拌种。绿亨2号可湿性粉剂拌种：每公斤瓜类种子用药4～5克拌种，可有效防治潜伏于种子上的真菌性病害。
　　细菌性病害
　　常见的为黄瓜细菌性角斑病，该病种子消毒方法：
　　温汤浸种 具体方法同黄瓜炭疽病等真菌性病害一致，此法对防治黄瓜细菌性角斑病也有较好效果。福尔马林浸种：用150倍的40%福尔马林浸种1.5小时，浸种后用清水充分洗净，然后晾干播种。硫酸链霉素浸种：用100万单位的硫酸链霉素500倍液浸种2小时，冲洗干净后催芽播种。
　　病毒病
　　常见瓜类病毒病有：黄瓜花叶病，西瓜、葫芦和冬瓜等病毒病，这些种子消毒方法是：
　　温汤浸种 对黄瓜花叶病，可将种子放在60～62℃的热水中浸10分钟或在55℃热水中浸40分钟，到时间后立即投入冷水中冷却，晾干后播种，有较好的防效。
　　药剂浸种 西瓜、葫芦等瓜类种子所带的绿斑花叶病毒，可用10%磷酸三钠浸种20分钟，清水洗净后播种。